Khoảng cách tương đối giữa các gen trong nhóm gen liên kết được thiết lập trên bản đồ di truyền được thực hiện dựa vào:
Khoảng cách tương đối giữa các gen trong nhóm gen liên kết được thiết lập trên bản đồ di truyền được thực hiện dựa vào tần số hoán vị gen qua quá trình trao đổi chéo giữa các crômatit của cặp NST tương đồng trong giảm phân. Khoảng cách gen càng xa thì càng dễ xảy ra hoán vị, tương ứng với tần số hoán vị gen càng lớn. Ngược lại, khoảng cách gen càng gần thì càng khó xảy ra hoán vị, tương ứng với tần số hoán vị gen càng nhỏ