Để phát hiện tần số hoán vị gen giữa hai gen người ta hay sử dụng phương pháp nào là kinh tế nhất:
Sử dụng phép lai phân tích là kinh tế nhất. Vì ta có 1 bên P luôn chỉ cho giao tử mang các gen lặn, nên từ tỷ lệ kiểu hình F1 suy ra được tỷ lệ các giao tử do cây được đem lai phân tích tạo ra. Từ đó suy ra được tần số hoán vị gen