Đặc điểm cơ bản của quần thể tự phối sau một thời gian dài là:
Quần thể tự phối không có sự thay đổi về tần số alen, chỉ có thay đổi về thành phần kiểu gen theo hướng tăng đồng hợp, giảm kiểu gen dị hợp. Có sự phân hóa thành các loại dòng thuần khác nhau.