Tiêu chuẩn cơ bản nhất để phân biệt các loài vi khuẩn có quan hệ thân thuộc là
Tiêu chuẩn cơ bản nhất phân biệt 2 loài vi khuẩn là : tiêu chuẩn sinh lý – sinh hóa.
Do vi khuẩn có bộ NST đơn nên chúng ta không thể áp dụng tiêu chuẩn di truyền được
Mặc khác hìn thái của các loài vi khuẩn dễ biến đổi, vùng phân bố cũng rộng nên không thể áp dụng các tiêu chuẩn trên được