Tần số đột biến của mỗi gen rất thấp nhưng đột biến gen là nguồn nguyên liệu chủ yếu cung cấp cho quá trình chọn lọc vì:
(1) ảnh hưởng của đột biến gen đến sức sống của cơ thể sinh vật ít nghiêm trọng so với đột biến NST
(2) số lượng gen trong quần thể là rất lớn
(3) đột biến gen thường ở trạng thái lặn
(4) quá trình giao phối đã phát tán các đột biến và làm tăng xuất hiện các biến dị tổ hợp