Trong lai phân tích cá thể dị hợp tử về 2 cặp gen cùng nằm trên một NST, việc tính tần số hoán vị gen được thực hiện bằng cách
Tần số hoán vị gen được tính bằng tổng tỷ lệ các loại giao tử mang gen hoán vị. Trong phép lai phân tích, 1 bên P có kiểu gen đồng hợp lặn nên chỉ cho 1 loại giao tử là ab. Tỷ lệ kiểu hình của phép lai sẽ bằng tỷ lệ các giao tử do bên P dị hợp 2 cặp tạo ra. P dị hợp 2 cặp xảy ra hoán vị gen sẽ tạo ra 2 giao tử liên kết và 2 giao tử hoán vị.
Do đó trong lai phân tích cá thể dị hợp tử về 2 cặp gen cùng nằm trên một NST, việc tính tần số hoán vị gen được thực hiện bằng cách tổng tần số 2 kiểu hình tạo bởi các giao tử hoán vị