Trong nghiên cứu tiến hóa ở các chủng tộc người và ờ các loài linh trưởng, hệ gen ti thể và vùng không tương đồng trên NST Y có ưu thế bởi vì:
Các gen trong ti thế nằm trong tế bào chất nên các tính trạng do các gen này qui định được di truyền theo dòng mẹ. Còn gen nằm trên NST Y luôn di truyền từ bố cho con trai. Khác với các gen trên NST thường và NST X di truyền theo nhiều qui luật khác nhau: qui luật phân li độc lập, hoán vị gen, tương tác gen, liên kết gen...Do đó các gen trên NST Y và gen trong tế bào chất dễ xây dựng sơ đồ phả hệ và cây phát sinh hơn các gen trên NST thường và NST X hơn.